Po valstybingumo atkūrimo 1990 m. Alytaus miesto savivaldybės tarybai teko spręsti naujas problemas. Pradėjus vykdyti ekonomines reformas, dauguma įmonių buvo privatizuotos. Kilus ekonominei krizei, daug didžiųjų pramonės įmonių bankrutavo. Dabar mieste vyrauja lengvosios pramonės, medienos perdirbimo, maisto pramonės įmonės. Daug dėmesio skiriama miesto įvaizdžiui: tvarkomos gatvės, parkai, rūpinamasi švietimu, mokyklų renovacija. Mieste įkurta aukštoji neuniversitetinė mokykla – Alytaus kolegija. Aktyviai veikia jaunimo, visuomeninės, kultūrinės, tautinės organizacijos. Šiandieną Alytus yra Pietų Lietuvos politinis, ekonominis, kultūrinis ir švietimo centras.
