XVII–XVIII a. miestas dažnai kentėjo nuo įvairių nelaimių: karo, maro, gaisrų. Visa tai atsiliepė miesto raidai, sumažėjo gyventojų skaičius, teritorija. 1775 m. iš Trakų ir Merkinės į Alytų perkelti pavietų teismai. 1776 m. Abiejų Tautų Respublikos Seimas priėmė Konstituciją, pagal kurią iš daugelio miestų, tarp jų ir Alytaus, buvo atimtos savivaldos teisės. Remdamiesi Ketverių metų (1788–1792) seimo nutarimais, 1791 m. gegužės 3 d. Konstitucija, 1791–1792 m. alytiškiai mėgino atkurti savivaldą. Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis S. A. Poniatovskis nesuteikė Alytui renovacinės privilegijos, todėl miesto savivalda nebuvo įteisinta. Po trečiojo Abiejų Tautų Respublikos padalijimo 1795 m., Nemunu išvedus sieną tarp Rusijos ir Prūsijos, Alytų pasidalijo dvi valstybės.